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2007.09.21

今日の日記

・コンピュータアーキテクチャのエッセンス
ときどきの雑記帖 リターンズさんから。
アマゾンカートに直行。

・バイオインフォ
バイオプログラミングで、バイオインフォの勉強を始めた。1時間読んでみたけど、3ページくらいで寝そうになる。

>ヌクレオチドが鎖状に連なり、糖(デオキシリポーズ)とリン酸から成る骨格を形成する。それぞれの鎖から突き出た塩基同士が水素結合を形成する。水素結合を形成するのは、アデニン(A)とチミン(B)、グアニン(G)とシトシン(C)という対である。この水素結合により、2本の鎖は逆向きに絡み合い、ラセン構造を形成する。


わからないこと
・ヌクレオチド
・鎖状に連なる
・糖(デオキシリポーズ)
・リン酸
・骨格を形成する。
・突き出た塩基
・塩基
・水素結合
・チミン、アデニン、シトシン、グアニン
・ラセンって物理的な話 or トポロジーの話?

とりあえず分かった事は、AとT、CとGでそれぞれ仲良し。こんなときosdev-jの中の人のように萌え絵が描けたら、もっとわかりやすいのと思った。最初はこんなもんか。学習の静止摩擦係数を乗り越えよう。


・Stallman
ユメのチカラから。
Stallmanかっこよすぎる!

・可愛い
檜山正幸のキマイラ飼育記から
近所の子が鬼ごっこしているみたいなんだけど、いろんな必殺技があって見ていて飽きない。○○って技は、鬼が技を出したときにジャンプしてたらセーフとか、階段とか地面より上に上がった状態でいられるのは10秒までとか、何か元ネタがあるんだろうな。

冷凍ビームって技は、かけられるとその場で停止しないといけない。冷凍だから。でも、技をかけた方も「冷凍ビーム」と叫んでポーズをとり続けないと駄目らしい。技をかけている間二人とも一歩も動けないから、ちょwww、鬼の冷凍ビーム、意味ねーよwwwって笑いながら見てたりした。

後のDIO様である。


・初めてのPerl
Perl内部では整数値は存在しない。全部整数と文字列でやっているのかと思ってた。たしかTclが全部文字列だ。Tclも勉強するリストに入っている。EDA業界の中途半端Tcl浸透率って異常だと思う。一つのTcl処理系で全部動けばよいのに。
0が最初だと8進になるのはCと同じ。0bでバイナリは便利。
ちゃんと読む→ http://d.hatena.ne.jp/naoya/20060521/1148179798
Effective Perlは名著なのか。実家に送らない事にする。Perlデータマンジングはアマゾンのカートへ。


2つめのプログラムで、普通に@linesを@lineとtypoしてはまる。自分のレベルに絶望した。perldocが動いていないと思っていたよ。
http://naoya.dyndns.org/~naoya/mt/archives/000892.html
strictとmyを使おう。

・というわけでTclネタ
Quartus II Handbook Volume 2: Design Implementation and Optimization
Chapter 3. Tcl Scripting (ver 7.1.0, May 2007, 390 KB) から。

End-to-End Design Flows

You can use Tcl scripts to control all aspects of the design flow, including
controlling other software if it includes a scripting interface.

(省略)

Because scripts for different tools must be executed with different Tcl interpreters,
it is difficult to pass information between the scripts unless one script
writes information into a file and another script reads it.

いろんなEDAツールがTclのインターフェイス持っているけど、それぞれ違う(ベンダー拡張された)インタプリタで実行されるから、一つのTclスクリプトで全部やるのは難しいよ、という話。Tclに合わせている意味ねーよ。

・マシン語で面白いところ
というのは、限られたバイト長にどうbitパターンを振り分けてるかだと思うんだ。32bitプロセッサの命令長が32bit固定ならば、その時点で32bit即値のLoad/Storeができなくなるとか。x86で、push、pop、inc、dec、nop 1バイトウマーとか。ARMのバレルシフタ考えた奴はKitty Guyとか。命令セットと言っちゃうとアセンブラのイメージがある。

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Comments

> ラセンって物理的な話 or トポロジーの話?
トポロジカルには、はしごみたいなもんで、
塩基のスタックが安定するコンフォーメーションでは、
骨格の糖と燐酸の鎖が、巻きつくような具合になります。
実際に巻きを戻して左巻きにすることも可能だったり。

なぜか、生物系出身なもんで、
こういう話題にでも食いついておかないと ^_^;
-- 余計なお世話とは存じますが...

Posted by: noboshemon | 2007.09.22 at 02:13 PM

noboshemonさん、ありがとございます。

そうか、トポロジーで考えたら螺旋構造自体が意味がない。

> なぜか、生物系出身なもんで、
> こういう話題にでも食いついておかないと ^_^;
いえいえ、近くに強力な助っ人がいることがわかり安心しました。
高校生の時は、数学、英語、物理に全てをかけていたので、水素結合からよくわからなかったりします。

コンフォメーション、骨格、糖、燐酸を分からない単語に追加しました。

Posted by: なつたん | 2007.09.24 at 07:48 AM

> トポロジーで考えたら螺旋構造自体が意味がない。
その辺が、どうもいい加減な世界で、
DNA の巻き戻しをする酵素に、
トポイソメラーゼ (topoisomerase) なんて
名前が付いてたりします。

> 近くに強力な助っ人が
生物ネタの回路だったら書いてみたい気はしますが、
そんな分野があるとはしらなんだ...

> 高校生の時は、数学、英語、物理に全てをかけていたので、
す、凄い...
高校の時は、空腹に耐えるのと眠ることくらいっすかねえ...

> 水素結合からよくわからなかったりします。
私の理解している方便は、
ケト基と水酸基が、うまい具合に向かい合ってるときは、
-- つまり =O HO- ね。
間の水素がどちらの酸素に属しているかあいまいになり、
-- -O-H O-
のようなことがおこる。
こうなるとチャージは左が + 右は - なので、
引き合うという理屈です。

DNA の模型を組んでみると、
よくもまあ旨くできてるもんだわという感じ。
そう言えば、今でも模型の残骸が手元に...

Posted by: noboshemon | 2007.09.24 at 08:13 AM

noboshemonさん、水素結合の説明ありがとうございます。

>> 近くに強力な助っ人が
> 生物ネタの回路だったら書いてみたい気はしますが、
> そんな分野があるとはしらなんだ...

こういうのとか。中は多分メモリとFPGAです。
http://www.biomatics.jp/ja/products/gq2/index.html

とりあえず、どこから勉強して良いのかわからないので、
blogで書いて反応待ちをしていました。

ぼちぼちと書いていきますね。

Posted by: なつたん | 2007.09.25 at 06:15 PM

> こういうのとか。中は多分メモリとFPGAです。
> http://www.biomatics.jp/ja/products/gq2/index.html
ううむ。
ホモロジー・マトリクスを計算するための、
CAM の化けもんとかですかねえ...
専用の hw に、どれ程有り難味があるのか、
今一イメージわかんですなあ...

Posted by: noboshemon | 2007.09.25 at 07:36 PM

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